La gouvernance de l’AGASA repose sur une organisation structurée autour de huit axes institutionnels. Cette architecture vise à garantir une gestion transparente, une coordination efficace des activités et une mise en œuvre rigoureuse des missions de l’agence en matière de sécurité sanitaire et phytosanitaire.
Le Conseil d’Administration constitue l’organe d’orientation stratégique et de délibération de l’AGASA. À ce titre, il veille à la mise en œuvre des missions confiées à l’agence et à la conformité de ses actions avec les orientations des pouvoirs publics. Il fixe les règles relatives à l’organisation et au fonctionnement de l’AGASA, sur proposition de la Direction Générale et après approbation du ministre chargé de la tutelle technique. Il détermine également les objectifs stratégiques de l’agence et approuve les programmes d’action, en cohérence avec les politiques nationales d’évaluation et de prévention des risques nutritionnels et sanitaires liés aux aliments. Le Conseil d’Administration examine et adopte le budget, les comptes, les états financiers annuels ainsi que les rapports d’activités. Il approuve également l’organigramme de l’agence, les statuts et le règlement intérieur. Par ailleurs, il fixe les indemnités et avantages accordés au Président du Conseil ainsi qu’aux autres membres, et délibère sur le recrutement des agents d’encadrement. Par ailleurs, le Conseil d’Administration est dirigé par un président nommé par décret pris en Conseil des Ministres sur proposition du Ministre compétent.